De Hervormde Gemeente Werkhoven is een christelijke gemeente. Dat betekent dat we onderdeel van het lichaam van Christus op aarde zijn. Zij aanvaardt heel de Bijbel als Gods Woord. Wij geloven dat we hierin kunnen ontdekken wie God is en wat Hij in Christus gedaan heeft. En dat God via Zijn Woord tot ons spreekt. De Hervormde Gemeente Werkhoven is onderdeel van de Protestantse Kerk in Nederland. Zij aanvaardt daarmee de drie algemene christelijke geloofsbelijdenissen.
Verder zijn we op bijzondere wijze verbonden met de gereformeerde belijdenis(geschriften); de Nederlandse geloofsbelijdenis, de Heidelbergse catechismus en de Dordste leerregels. Onze gemeente sympathiseert met de Gereformeerde Bond, maar is toch ook een echte volksgemeente. Onze gemeente behoort tot de classis Zeist. Vanuit iedere classis wordt iemand afgevaardigd naar de generale synode. De synode neemt besluiten over de koers van de Protestantse Kerk in Nederland. Binnen deze organisatorische structuur is de plaatselijke gemeente het gelovige hart van de kerk.